مطالعات علوم انسانی قرآن‌بنیان در سال‌های اخیر به‌عنوان یکی از محورهای مهم تحول در علوم انسانی مورد توجه قرار گرفته‌اند. با وجود رشد نسبی در این حوزه، شواهد متعددی از انحرافات روشی و محتوایی در مسیر این مطالعات مشاهده می‌شود که می‌تواند اعتبار و اثربخشی آن را تحت‌تأثیر قرار دهد. پژوهش حاضر با هدف تحلیل علل این انحراف‌ها انجام شده و تلاش دارد با رویکردی توصیفی ـ تحلیلی، مهم‌ترین عوامل دخیل در بروز این آسیب‌ها را شناسایی کند. یافته‌ها نشان می‌دهد که بخشی از این انحرافات ریشه در فقدان تخصص در علوم قرآنی و حدیث، بی‌توجهی به زمینه‌های تاریخی و اجتماعی نزول آیات، استفاده نادرست و گزینشی از منابع قرآنی و روایی، و تأثیرپذیری بدون نقد از نظریات و روش‌های غربی دارد. همچنین، ضعف در استفاده از روش‌های پژوهشی بومی‌سازی‌شده، عدم توجه به ویژگی‌های خاص متن قرآن، و نادیده‌گرفتن ظرفیت سیره معصومان (ع) نیز از دیگر عوامل مؤثر محسوب می‌شوند.